पुराणांत नागेश्वर ज्योतिर्लिंगाविषयी तीन निरनिराळ्या आख्यायिका सांगितल्या आहेत. त्याचे प्रकटीकरण नक्की कुठे झाले याविषयी मतभेद आहेत. त्या सर्व दंतकथांचा खाली उल्लेख केला आहे.
पहिल्या विचारधारेप्रमाणे महाराष्ट्रातील प्रभाषा क्षेत्रातील औंध येथे असलेला नागनाथ म्हणजेच नागेश्वर ज्योतिर्लिंग. दुसऱ्या विचारसरणीनुसार उत्तराखंडातील अलमोरा येथील जागेश्वर म्हणजेच नागेश्वर ज्योतिर्लिंग तर तिसऱ्या दंतकथेनुसार गुजरातमधील द्वारकेला असलेले ज्योतिर्लिंग म्हणजेच नागेश्वर होय.
क्षेत्र पुराणांमध्ये औंधच्या नागेश्वर लिंगाची कथा कथन केली आहे. त्यानुसार वनवासात असताना पांडव औंधला आले. ते जेव्हा औंधच्या जंगलात आले तेव्हा भीमाने एक विस्मयकारक गोष्ट पाहिली. नदीकाठी पाणी प्यायला गेलेल्या गाईंच्या आचळातून आपोआप दूध येत होते. त्याच जागेवर भीमाने काही वेळ गदा प्रहार केल्यावर तेथे असलेल्या अति तेजस्वी शिवलिंगातून रक्त वाहू लागले. अशा प्रकारे औंधच्या नागेश्वर ज्योतिर्लिंगाचा शोध लागला.
औंधच्या नागेश्वर ज्योतिर्लिंगाविषयी आणखी एक दंतकथा आहे. संत नामदेव जेव्हा मंदिरात भजन म्हणत होते तेव्हा तेथील ब्राह्मण पुजाऱ्यांनी नामदेवांना तिथून जाण्यास सांगितले कारण त्यांना वाटले की संत नामदेव त्यांच्या दैनंदिन कार्यक्रमांमध्ये अडथळा आणत आहेत. म्हणून नामदेव व त्यांचे शिष्य देवळाच्या मागच्या बाजूला जाऊन भजन म्हणत बसले व त्यामुळे अख्खे मंदिरच उलटे फिरले. ह्या चमत्काराचा पुरावा म्हणजे ह्या मंदिरात नंदी हा देवळाच्या मागच्या बाजूला आहे.
दुसऱ्या आख्यायिकेनुसार द्वारकेला असलेले नागेश्वर लिंग हेच ज्योतिर्लिंग आहे. दारुका आणि दारुकीने उग्र तपश्चर्या करून पार्वतीकडून असा वर प्राप्त करून घेतला की ते जेथे जेथे प्रवास करतील तेथे तेथे जंगल सुद्धा त्यांच्याबरोबर प्रवास करेल. हे दानव यतीच्या यज्ञामध्ये व तपश्चर्येत विघ्न आणत. यतीनी घाबरून जाऊन और्य मुनींच्याकडे आसरा घेतला. मुनींनी असुरांना शाप दिला की त्यांचा पृथ्वीवर सर्वनाश होईल. तेव्हा असुरांनी संपूर्ण जंगलच समुद्रामध्ये नेऊन ठेवले. त्यानंतर त्यांनी समुद्रमार्गे उद्योगधंदा करणाऱ्या व्यापाऱ्यांना त्रास द्यायला आरंभ केला. व्यापाऱ्यांना समुद्रातील बेटांवर बंदी ठेवले. सुप्रिया नावाच्या यतीने तो बंदी असताना शिवाची आराधना करून त्याला प्रसन्न करून घेतले. शिवाने सर्व दानवांचा नाश केला. पार्वतीने मात्र दारुकाला असा वर दिला की सांप्रत कालखंड जेव्हा संपेल तेव्हा फक्त असुरच ह्या बेटावर उत्पन्न होतील व स्वतः पार्वती त्यांच्यावर राज्य करेल. शिवपार्वतीने त्यानंतर त्या बेटावरच वास्तव्य केले. शंकराने नागेश्वर ज्योतिर्लिंगाचे रूप धारण केले तर पार्वती नागेश्वरी बनून दोघेही समुद्रकिनारी राहिले.
बाळ जागेश्वर म्हणजे नागेश्वर ज्योतिर्लिंग उत्तराखंडातील अलमोरा मध्ये असलेल्या दारुकावन येथे असून त्याची कथा अशी आहे की बाळ खिल्ल्यासनी म्हणजे बुटक्या महर्षींनी केलेल्या तपावर प्रसन्न होऊन शंकर ज्योतिर्लिंगाच्या स्वरूपात येथे प्रगट झाले. येथे मुख्यत्वे महामृत्युंजय जप पठण केला जातो. ह्या जपाने ज्याचे डोळे म्हणजे सूर्य, चंद्र व अग्नि आहेत त्या महादेवाची करुणा भाकली जाते. भिती, रोगराई व दारिद्र्यापासून संरक्षण करण्यास तसेच ऐश्वर्य व दीर्घायुष्यासाठी महामृत्युंजय जप केला जातो.